Dizinler için .htaccess tarzı INI dosyaları desteklenmektedir. Bu dosyalar sadece CGI/FastCGI SAPI tarafından işlenir. Bu işlevsellik ile PECL htscanner eklentisi atıl duruma düşmüştür. PHP'yi Apache modülü olarak çalıştırıyorsanız aynı etkiyi elde etmek için .htaccess dosyalarını kullanın.
Ana php.ini dosyasına ek olarak, PHP istenen PHP dosyasının bulunduğu dizinden itibaren her dizini INI dosyaları için tarar ve bunları geçerli belge kök dizinine uygulanıyormuş gibi uygular ($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] değişkenine atandığı gibi). PHP dosyasının belge kökü dışında olduğu durumlarda sadece onun dizini taranır.
.user.ini tarzı INI dosyalarında sadece INI_PERDIR ve INI_USER kipindeki INI ayarları işleme sokulur.
Kullanıcı INI dosyalarını denetlemek için iki yeni INI yönergesi kullanılmaktadır: user_ini.filename ve user_ini.cache_ttl
user_ini.filename ile PHP'nin dizinlerde arayacağı dosyanın ismi belirtilir. .user.ini öntanımlı değerdir.
user_ini.cache_ttl ile kullanıcı INI dosyalarının ne sıklıkta denetleneceği belirtilir. 300 saniye (5 dakika) öntanımlı değerdir.